为科学有效地对实验室进行管理，实验室制定了一系列的管理制度和规定，包括：《气象灾害教育部重点实验室岗位职责管理条例》、《气象灾害教育部重点实验室学术委员会工作条例》、《气象灾害教育部重点实验室客座研究人员管理办法》、《气象灾害教育部重点实验室固定人员管理办法》、《气象灾害教育部重点实验室研究室管理办法》、《气象灾害教育部重点实验室开放基金试行办法》、《气象灾害教育部重点实验室创新团队资助经费使用管理办法》、《南京信息工程大学气象灾害重点实验室科研产出奖励办法》、《气象灾害教育部重点实验室安全管理制度》、《高性能计算机用户规章制度》、《高性能计算机房安全管理制度》等。

实验室运行管理机制如下：

（1）实验室实行实验室建设领导小组领导下、学术委员会指导下的主任负责制。实验室管理层由建设领导小组、学术委员会、主任工作委员会组成。实验室设立常务副主任和副主任若干名，主任全面负责实验室的工作，业务上接受实验室学术委员会指导。

（2）实验室设独立的学术委员会，学术委员会是实验室的学术领导机构，其主要职能是审议实验室学术方向、研究内容以及战略发展计划；审议实验室年度研究工作计划、审定实验室开放和合作交流课题，评估和考核开放课题完成情况，定期修改开放课题申请指南和学术方面等其他重大事宜。学术委员会由国内外气象相关学科领域的知名学者组成，任期四年，学术委员会每年至少召开一次会议。

（3）实验室实行科学化、规范化、制度化管理，建立分级管理责任制和实验室主任工作例会制度，各研究室围绕实验室年度工作总体目标，制定年度工作计划，主任工作委员会根据年度工作计划对研究室进行全面的目标考核，考核内容包括研究内容、项目成果、队伍建设、对外开放及学术交流等；实验室开放课题全部围绕预期目标，实行公开招标和合同管理。

（4）实验室以研究室的组织形式，联合优势学科，集中优秀人才。实验室设固定、流动及客座三种研究成员，依托研究室（中心）建设创新团队，固定人员实行考核和滚动制。根据绩效考核的结果，实验室发放一定数量的奖励。鼓励其他研究人员自带经费，以流动人员进入实验室从事研究工作，特别是从事交叉性、探索性研究工作，实验室将给予一定数量的经费支持；海外签约人员主要以客座研究为主。

（5）实验室实行激励机制，对所获得课题、发表论文、获得科技进步奖、获得专利以及科技成果转化等均按不同类别和档次给予奖励。

（6）实验室实行相对经济独立核算（如单独设立财务明细帐、专款专用等）。实验室的建设经费和设备费由国家财政部、江苏省教育厅和学校共同提供。实验室统一管理专项科研经费，具体由实验室主任工作委员会进行财务预算与决算。实验室建设领导小组进行建设经费的统一管理，运行费和自筹经费由实验室主任工作委员会管理。