实验室创建于1995年，1998年10月被中国气象局批准为“中国气象局灾害天气重点开放实验室”，2000年9月被江苏省人民政府批准为“江苏省气象灾害和环境变化重点实验室”，2004年11月经江苏省教育厅遴选为全省首批十家“国家重点实验室培育建设点”之一，并更名为“江苏省气象灾害重点实验室”；2008年10月，实验室被遴选为立项建设的“气象灾害省部共建教育部重点实验室”，2012年通过教育部验收，并于2013年3月正式以“气象灾害教育部重点实验室”开放运行；2014年实验室获江苏省教育厅“国家重点实验室培育建设点”建设计划继续支持；2016年1月，实验室顺利通过教育部定期评估，评定结果良好。2018年通过江苏省国家重点实验室培育建设点实验室考核验收，并被评定为“良好”。2021年1月，实验室在教育部定期评估中获评“优秀”。

 实验室立足于南京信息工程大学大气科学一流学科，主要依托“气象学”国家级重点学科、“大气物理和大气环境”国家级重点学科培育点，包括1个一级学科博士后科研流动站、1个一级学科大气科学博士点、 6个二级学科博士点、硕士点。实验室的研究主要针对东亚季风区重大气象灾害（洪涝、台风、热浪、大雾、灰霾、雷电等）的关键科学问题，重点围绕四个研究方向：（1）东亚季风区灾害性气候的形成机理与预测研究；（2）台风动力学与中尺度数值模拟研究；（3）云雾致灾机理与人工影响天气；（4）气象灾害的监测、预警及影响评估，开展应用基础研究，提高天气气候预报预测准确率和气候变化影响评估水平，为国家防灾减灾和应对气候变化提供科学支撑。

实验室秉持“开放、流动、联合、竞争”运行机制，针对东亚季风区重大气象灾害（洪涝、台风、热浪、大雾、灰霾、雷电等）的关键科学问题，结合区域社会经济发展的实际需求，争取在东亚季风系统的变异及其影响、季风区海-陆-气相互作用的机理、灾害性气候的预测理论和方法、中国东部致灾天气形成机理及其预报技术、致灾云雾过程与人工影响天气、气象灾害的监测、预警及影响评估的前沿领域获得一批创新型研究成果，逐步使实验室成为代表我国相应研究领域的科研和高层次人才的培养基地。